As origens de Cedrim podem ser encontradas no pequeno reduto castrejo que, em data incerta do primeiro milénio a.C., se instalou no Monte do Castêlo. Neste local, existem vestígios de uma fortificação, ao que tudo indica pré-romana e, há relativamente pouco tempo, foi aí encontrado um machado de pedra e um pequeno vaso de cerâmica. Durante séculos, os habitantes deste castro abrigaram-se em simples cabanas de ramagens, vivendo exclusivamente da pastorícia e da agricultura rudimentar. Posteriormente, com a romanização e o progresso natural da sociedade, essa gente começou a descer para os locais mais férteis da encosta, à procura de pão mais abundante e de lugares menos agrestes. E assim surgiu Cedrim e os outros pequenos núcleos populacionais dos arredores.
No que se refere ao topónimo “Cedrim”, defende Bluteau que se trata de um modalismo ou corrupção de “Synedrim” ou “Senedrim”. Contudo, a sua raiz é latina, uma vez que deriva do étimo “Cetarini”. A Freguesia é mencionada em vários documentos antigos, aparecendo, em 1050, sob a forma de “Cedarim” e “Zedarim”; em 1284, surge como “Cedari”; em 1747, como “Sedrim” e, em 1768, “Cedrim”, forma que actualmente persiste, embora haja quem acrescente “do Vouga”.
É sabido que o surgimento de Cedrim é anterior à fundação da nacionalidade, facto que é atestado por um documento pertencente ao Convento de Pedroso (Gaia), onde consta que, em 1017, D. Gonçalo, filho do Conde D. Mendo Luci, comprou metade do mosteiro de Cedrim, adquirindo a outra metade 33 anos mais tarde, em 1050. Nada se sabe quanto à fundação e vida desse mosteiro de monges e freiras da Ordem de São Bento que, em 1117, foi visitado por D. Teresa, mãe do primeiro rei de Portugal, de passagem para as Caldas de Lafões (São Pedro do Sul). Provavelmente, este convento era, como muitos outros, filial do que a nobre condessa Mumadona Dias fundou em Guimarães, no ano de 927, com 25 coutos, freguesias e algumas marinas de Aveiro. A avaliar pelo seu patronímico hebraico, presume-se que o mosteiro de Cedrim tenha sido construído, ou apenas estabelecido, sobre um Senedrim israelita (tribunal judaico destinado a julgar as transgressões do ritual Thalmúdico).
No século XIII, os documentos voltam a falar de Cedrim «Martinus Petri juratus dixit, quod de villa de Paazoo et de villa de Cedarim… nullum forum faciunt Regi» (Martinho filho de Pedro ajuramentado disse que a vila de Paçô e a vila de Cedrim não pagavam foro ao Rei); e continua «Interrogatus, quomodo non faciunt Regi aliquit forum, dixit, quod, ut audivit dicere, iste ville erant cautate» (Interrogado porque não pagavam foro ao Rei, disse que, conforme ouviu dizer, estas vilas eram coutadas). De facto, as duas vilas eram de fidalgos por avoenga, isto é, por honra antiga e pertenceram a D. Urraca Vasques, não pagando qualquer foro à Coroa. Também João Afonso, juiz de Sever, disse nas Inquirições de D. Afonso III, em 1258, que Cedrim e Paçô eram do termo de Sever e não constituíam couto, mas honra., ou seja, eram propriedade ou domínio de alguma casa nobre da região.
Do catálogo das igrejas e mosteiros mandado fazer por D. Dinis, em 1320, não consta a igreja nem o mosteiro de Cedrim; este já deveria ter desaparecido e aquela ainda não existia. A Igreja de Cedrim só surge na relação de 1675, no bispado de D. João de Melo, sob a invocação de Nossa Senhora, como curato anual e filial de Ribeiradio, paróquia de São Miguel da Ribeira. Segundo o informador, a Igreja tinha dois altares colaterais das invocações respectivas de Nossa Senhora e de Santo António, que não possuía sacrário e se encontrava “bastante ornada”. De acordo com a opinião do Monsenhor Celso Tavares da Silva, em artigo publicado no jornal “Correio de Sever do Vouga”, em 25 de Setembro de 1986, a partir destes dados, bem como dos livros de assentos de baptismos de Ribeiradio, onde consta que no dia 7 de Julho de 1637 foi baptizada a filha de um casal que morava na freguesia de São João de Cedrim, pode-se situar a instituição da Freguesia por volta de 1630, talvez um pouco antes. Nesta altura, a igreja deveria ter resultado de obras de adaptação da antiga capela de São João Baptista, cuja construção poderá remontar aos séculos XIV ou XV, a avaliar pela antiquíssima imagem que se encontra presentemente na fachada da actual igreja.
No Inquérito Paroquial de 1732, conclui-se das informações prestadas pelo pároco Francisco Soares que a Freguesia pertencia ao bispado, comarca da Esgueira, termo da vila de Sever e possuía 151 fogos. Era donatário o Marquês de Fontes, estando o respectivo pároco sujeito ao reitor de Ribeiradio, pelo que a Freguesia lhe era anexa. Possuía alguns privilégios pertencentes à sagrada religião de Malta de que era senhor D. Sancho Manuel de Vilhena. Também nesta altura, são indicadas como pertencendo a esta Freguesia os lugares de Silveira e Arcas, hoje pertencentes à Freguesia de Talhadas, Alagoa e Paredes, actualmente pertencentes a Ribeiradio, Concelho de Oliveira de Frades. Depois de ter pertencido ao Concelho de Sever do Vouga até ao dia 21 de Novembro de 1895, data em que este Concelho foi extinto, Cedrim passa para o Concelho de Albergaria-a-Velha até 1898. No dia 15 de Janeiro deste mesmo ano, volta a pertencer ao Concelho de Sever do Vouga, entretanto restaurado. A Freguesia tornou-se independente a partir de 1900, tendo sido o seu primeiro pároco o Reverendo Artur R. da Costa Carvalheira.